Ocena metodologiczna badań klinicznych przeprowadzana jest za pomocą skali Jadad (zalecanej przez AOTM) oraz przy użyciu Risk of bias dostępnego w oprogramowaniu RevMan.
Risk of bias jest oparty na opracowaniu Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions i pozwala na przedstawienie oceny w formie tabelarycznej i graficznej. Ocena risk of bias uwzględnia m.in. takie elementy jak: prawidłowy dobór pacjentów, utajenie kodu randomizacji, zaślepienie czy utrata pacjentów z obserwacji. Weryfikacja przebiega także pod kątem istotności klinicznej analizowanych punktów końcowych w oparciu o wytyczne dla poszczególnych jednostek chorobowych czy grup leków (np. Guidelines on clinical investigation of medicinal products - EMA). Opracowanie zawiera także komentarz dotyczący słuszności wnioskowania w kontekście dostępnych danych oraz opis potencjalnych ograniczeń.